两种途径在商标注册申请审查方面并无差别。其主要区别是在 提交资料 和 文件送达方式 稍有差别。

在提交的书件方面，自行办理的，申请人应按规定提交相关书件;委托商标代理机构办理的，申请人还应提交委托商标代理机构办理商标注册事宜的授权委托书。

在文件送达方式方面，申请人自行办理的，商标局的各种文件是送达当事人;委托商标代理机构办理的，文件送达商标代理机构。