正所谓，有人的地方就有交易，有交易的地方就会存在纠纷，商标转让亦是如此，在商标转让市场发展迅猛的当下，总是会有些非法商人利用公众急于获得注册商标的心理牟利，不是在转让商标本身做手脚，就是利用商标转让合同欺骗消费者。另外，商标转让双方还会因为不服商标局的驳回或者不予通过申请的裁定而产生的纠纷等等，这些都是商标转让中经常出现的，也是商标转让相关者不得不防的。那么遇到商标转让合同纠纷应该怎样处理呢?

1、商标转让申请纠纷

商标转让申请纠纷主要存在于商标申请阶段，这一阶段的纠纷是非常好处理的，只要按照商标局规定的期限完成相关的内容核查就可以了。

2、商标转让法律权限纠纷

商标转让法律权限纠纷主要是指在商标申请过程中，因为某些情况导致商标转让行为无法继续，商标转让人可以通过法院的申请证据保全方式来解决，要求法院暂时冻结待转让商标转让成功后权利的行使，再利用诉讼书的程序解决纠纷。

3、商标非法转让纠纷

如果商标受让人发现待转让商标属于没有通过法定程序核准注册的商标时，商标受让人可以向当地的公安部门请求援助，要求进行刑事鉴定，完成之后需要走司法程序。

4、商标局行政决定纠纷

商标局在接收到申请的转让申请之后，会下发“受理通知书”，并且进行核查，最终核准注册，一旦商标转让申请人接收到商标局“不予受理”或者“不予核准”的通知时，当事人不服该裁定时，就可以利用行政诉讼等方式解决纠纷。

以上的纠纷都存在于商标转让的过程中，提示：不管商标转让当事人遇到哪种纠纷，都不要过分着急，可以根据商标合同纠纷的不同形式解决纠纷，保护自己的权益。