两者的保护对象不同，前者保护的对象是产品，后者保护的对象是用途;两者的保护范围也不同。

根据专利法第11条的规定，专利申请获得授权后，专利权人可以禁止他人实施其专利技术方案。对于医药产品发明专利而言，任何单位或者个人未经医药产品发明专利权人许可，都不得实施其专利，即不得为生产经营目的制造、使用、许诺销售、销售、进口其专利产品;对于医药用途发明专利而言，未经医药用途发明专利权人许可，不得将其用于该用途。例如，甲拥有药品X的专利权，乙拥有药品X制备治疗高血压药物的用途的专利权。由于甲可以禁止他人使用药品X，所以乙在实施自己的专利权时仍然要经过甲的同意;由于乙可以禁止他人将药品X用于制备治疗高血压的药物，所以甲如果将药品X用于制备治疗高血压的药物时仍然要经过乙的同意。